В директория site на Drupal се съхранява цялата информация, специфична за вашия сайт. В директория site/all има създадени, след инсталацията две поддиректории:  site/all/modules и  site/all/themes. В тези директории Drupal разархивира допълнителните модули и теми, които искате да инсталирате.  До версия 7, инсталирането на нови модули и теми се извършваше като се сваляха съответните файлове от сайта на Drupal и се разархивираха в тези две директории. Версия 7 предоставя автоматизиране на този процес.

Една инсталация на Drupal може да управлява много сайтове, виж повече за това на http://drupal.org/node/43816.  Модулите и темите в директория site/all ще бъдат достъпни за всички сайтове, а цялата специфична информация за отделен сайт се съхранява в site/default. За да изградите такава multi-site инсталация, трябва да имате за всеки отделен сайт по една директория от вида site/default.

В администраторското меню admin/settings/file-system (настройки/файлова система) са дефинирани 2 директории:  публична и частна (private) . Те по подразбиране са: site/default/files. Първата е за файлове, които са достъпни през интернет, а втората за такива, които са достъпни само на Drupal. Освен тях има и трета директория – temp, която трябва да се дефинира и да се създаде. Тя е необходима на функцията на Drupal: file_directory_temp(), за да присвои стойност на променливата "file_temporary_path", която се ползва от някои модули. Други модули създават при инсталиране собствена temp директория, например модула  Ctools - /sites/default/files/ctools.

Съвет: Никога не променяйте файлове извън тези директориите. Те са част от ядрото на Drupal и ще загубите промените при евентуално обновление.